小核酸药脱靶检测服务

服务流程

脱靶效应预测

• 根据候选序列和目的基因预测脱靶效应
• 可选择预测脱靶水平较低的候选序列，进行后续实验检测

RNA-seq检测脱靶效应

待测样品转染细胞 → 总RNA提取 → mRNA筛选与建库 → NGS测序 → 数据分析与作图

验证脱靶效应 (可选)

通过RT-PCR检测候选序列在mRNA水平对不同基因转录的影响

脱靶效应优化方案 (可选)

• 金斯瑞提供7种自研修饰方案，降低脱靶
• 可预测7种修饰方案的沉默效率，以供选择合适的修饰方案

服务详情

* miRNA off-target：由于siRNA的seed区域和靶基因的相似性，导致非目标基因调控，这是一种类似于miRNA调控的机制。
Homologous off-target：由于siRNA序列与非目标基因具有同源性，导致非目标基因被错误干扰。
Down regulated off-target：由于非特异性机制，导致非目标基因表达水平下降。

案例分享

• 精准评价修饰与未修饰siRNA的脱靶效应，金斯瑞修饰方案显著降低脱靶效应

  实验方法

  RNA-Seq方法检测，提供修饰与未修饰siRNA处理细胞后，差异表达基因(DEGs) 数量/名称，脱靶基因mRNA水平上调/下调的程度

  实验结果

  • 表1：与无修饰siRNA比较，金斯瑞修饰siRNA (siRNA93-GS) 造成的差异表达基因(DEGs)数量显著下降
  • 图1A/B：无修饰siRNA造成多个基因转录水平变化，多个基因出现mRNA转录水平的上/下调的情况
  • 图1C/D：金斯瑞修饰siRNA (siRNA93-GS) 造成的基因转录水平变化显著减少
  • 图1A/C (数据点HAO1横坐标代表的mRNA变化水平相近)：与无修饰siRNA比较，金斯瑞修饰siRNA靶基因敲降效率接近

  表1. 通过RNA-Seq检测修饰与无修饰siRNA的脱靶效应 (NGS实验)

  Target Gene	Sample	RNA-Seq Detection	Type I: Homologous off-target genes prediction		Type II: miRNA-like similar off-target genes prediction
  		DEGs	AS_blast	SS_blast	AS_mirna_off-target	SS_mirna_off-target	Total mirna_off-target	Down regulated off-target
  HAO1	siRNA93	58	0	0	26	6	28	23
  	siRNA93-GS	7	0	0	1	0	1	1

  

  

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